一百零八颗是最为常见的数目，是为了表示求证百八三昧，而断除一百零八种烦恼，从而使身心能达到一种寂静的状态。百八烦恼的内容，有多种不同的说法，总的来说，六根各有苦、乐、舍三受，合为十八种；又六根各有好、恶、平三种，合为十八种，计三十六种，再配以过去、现在、未来三世，合为一百零八种烦恼，如经中所言：
诸菩萨问：云何百八？佛言：有所念不自知心生心灭中，有阴有集，不知为痴，转入意地亦如是，识亦如是，是为意三；见好色中色恶色，不自知著不自知灭，有阴有集，乃至触亦如是；彼经但列六根各六，虽无三世之语，而结云百八，故知是约刹那而为三世也。……三世三个三十六故，故有百八。
一粒粒念珠，圆润饱满，象征着菩萨圆满的正果。用线贯穿起来，是表示菩萨的种种功德，串珠中的一粒母珠（俗称佛头）是表示弥陀佛无量光明无量寿。
手掐念珠，口念佛菩萨真言或圣号（如藏地居民随时随地念诵观音菩萨的心咒，即六字真言：嗡、嘛、呢、呗、弥、吽。还有净土宗以行住坐卧不离念诵“南无阿弥陀佛”以收心。）心想诸佛菩萨的庄严慈悲德相，久而久之，烦恼自然减少，心地自然清净。
据《数珠功德经》中说，若有人手持数珠，虽不念诵佛名及陀罗尼者，此人亦获福无量。而《金刚顶念珠经》云：“若安项髻净无间，由戴项上灭四重。手持臂上除众罪，能令行人速清净。”