第二卷因波斯匿王之问，显示真性圆明无生无灭本来常住之理。并说一切众生轮回世间由二颠倒分别妄见，随业轮转：一、众生别业妄见，二、众生同分妄见。应当抉择真妄，而明五阴身心不有，世界本空，破我法二执，显本觉真如，显示五阴本如来藏妙真如性。
第三卷佛对阿难陀就六入、十二处、十八界、七大等一一说明本如来藏妙真如性。
第四卷因富楼那之问，显示世间一切根尘阴处等皆如来藏清净本然，但以三种相续：即世界相续，众生相续，业果相续，诸有为相循业迁流。妄因妄果其体本真。真智真断不重起妄，是故如来证真故无妄。四大本性周遍法界。歇即菩提，不从人得等。
第五卷憍陈如五比丘，优波尼沙陀、香严童子、药王药上二法王子、跋陀婆罗等十六开士、摩诃迦叶及紫金光比丘尼等、阿那律陀、周利槃特迦、轿梵钵提、毕陵伽婆蹉、须菩提、舍利弗、普贤菩萨、孙陀罗难陀、富楼那弥多罗尼子、优波离、大目犍连、乌刍瑟摩、持地菩萨、月光童子、瑠璃光法王子、虚空藏菩萨、弥勒菩萨、大势至菩萨等，各各自说最初得道的方便以显圆通。
第六卷最后观世音菩萨说耳根圆通，以闻熏闻修金刚三昧无作妙力，成三十二应，入诸国土。获十四种无畏功德，又能善获四不思议无作妙德。文殊师利以偈赞叹。佛更为说四种律仪(媱、杀、盗、妄)，令离禅魔。
第七卷佛说四百三十九句大佛顶陀罗尼。此即大白伞盖佛顶陀罗尼经。并说安立坛场法则及持诵功德。次因阿难请问修行位次，佛先为说十二类众生(胎、卵、湿、化、有色、无色、有想、无想、非有色、非无色、非有想、非无想)颠倒之相。
第八卷说明三摩提三种渐次。次明五十七位：乾慧地、十信、十住、十行、十回向、四加行、十地、等觉、妙觉。又因文殊问，示经五名，说明经的归趣。因阿难问，说地狱趣造十习因，受六交报，以及鬼、畜、人、仙、修罗、天等七趣，自业所感差别。
第九卷说明三界二十五有之相。次明奢摩他中微细魔事，即五阴魔等。
第十卷说五阴的行阴魔中十种外道(二无因论、四编常论、四一分常论、四有边论、四种颠倒不死矫乱遍计虚论、立五阴中死后有相心颠倒论、立五阴中死后无相心颠倒论、立五阴中死后俱非心颠倒论、立五阴中死后断灭心颠倒论、立五阴中五现涅槃心颠倒论)。识阴魔中禅那现境十种魔事。次明五阴相中五种妄想等。